Una de las principales limitaciones de la investigación en naturopatía es que ésta es una disciplina muy amplia e incluye el uso de diferentes modalidades de práctica naturopática y otras terapias naturales. No obstante, la naturopatía está respaldada por un importante grado de investigación, que queda reflejado en bases de datos, institutos de investigación naturopática y Peer-Reviewed Journals

Uno de los documentos que ofrece una visión global sobre la evidencia actual de la naturopatía como sistema global es la “scoping review” de Stephen P et al. publicada en 2019. Según los autores, la naturopatía es efectiva en el tratamiento de trastornos cardiovasculares, dolores musculoesqueléticos, diabetes tipo 2, síndrome de ovario poliquístico, depresión y ansiedad.

Otro trabajo similar, es la revisión de revisiones sistemáticas realizada por el Gobierno Australiano en 2015. En este documento también se concluyó que existe evidencia que sugiere que la naturopatía es efectiva para mejorar la salud del paciente en afecciones crónicas como ansiedad, esclerosis múltiple, enfermedad cardiovascular y afecciones musculoesqueléticas. Este documento se encuentra actualmente en proceso de actualización para incorporar las los últimos estudios.